Mami Koyama

แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ

มิยาโนะ ชิโฮะ นักวิทยาศาสตร์และสมาชิกขององค์กรชุดดำที่มีโค้ดเนมว่า เชอร์รี่ ได้พัฒนายาพิษลึกลับ APTX (Apotoxin) 4869 ยาที่ทำให้ คุโด้ ชินอิจิ กลายเป็นเด็ก! อย่างไรก็ตาม เมื่อเชอร์รี่รู้ว่าองค์กรชุดดำได้สังหาร มิยาโนะ อาเคมิ พี่สาวของเธอ เธอจึงทรยศต่อองค์กรและ กินยา APTX4869 เธอจึงกลายเป็นเด็กเพราะฤทธิ์ของยา และตอนนี้เธอเรียกตัวเองว่า ไฮบาระ ไอ และได้ปกปิดซ่อนตัวเองเอาไว้

ในช่วงยุคเอโดะ สองผู้มาใหม่ต้องเผชิญทั้งเล่ห์กลทางการเมือง การแก่งแย่งชิงดี และวิญญาณอาฆาต ซึ่งมีเพียงคนขายยาพเนจรเพียงคนเดียวเท่านั้นที่จะกำราบได้