Kotono Mitsuishi

ในปี ค.ศ. 75 การต่อสู้ยังคงดำเนินต่อไป มีการเคลื่อนไหวเพื่อเอกราช และการรุกรานจากบลูคอสมอส... เพื่อบรรเทาสถานการณ์ จึงมีการจัดตั้งองค์กรติดตามสันติภาพโลกชื่อ COMPASS โดยมีลาคุสเป็นประธานคนแรก ในฐานะสมาชิกของ COMPASS คิระและเพื่อนร่วมรบของเขาเข้าแทรกแซงในการสู้รบตามภูมิภาคต่างๆ จากนั้นประเทศที่เพิ่งก่อตั้งใหม่ชื่อฟาวน์เดชั่นได้เสนอการปฏิบัติการร่วมกันต่อต้านฐานที่มั่นของบลูคอสมอส

ถ้าเกิดว่ามีแดนสวรรค์ที่ทุกอย่างเป็นจริงได้เหมือนฝันอยู่ที่ไหนสักแห่งแล้วล่ะก็? การผจญภัยบนเกาะยูโทเปียลอยฟ้ากำลังจะเริ่มต้นขึ้นแล้ว โนบิตะ ได้พบเกาะรูปพระจันทร์เสี้ยวปริศนาบนฟ้า และ ยืนกรานว่า นั่นแหละคือยูโทเปียที่ฉันตามหา โนบิตะจึงได้ออกเดินทางตามหาเกาะนั้นกับพวกโดราเอมอนด้วยเรือเหาะกาลเวลาที่มีชื่อว่า ไทม์เซ็พเพอลิน หลังจากที่ตามหาในยุคสมัยและสถานที่ต่างๆจนเจอ ก็ได้พบว่าที่นั่นคือ พาราดาเปีย ดินแดนแห่งสรวงสวรรค์ที่ทุกคนสามารถเพอเฟคได้กับความฝัน ณ ที่แห่งนั้น พวกเขาได้พบกับ โซเนีย หุ่นยนต์แมวที่เพอร์เฟคไปเสียทุกอย่าง พวกโดราเอมอนและโซเนียได้ทำความรู้จักและสนิทสนมกันแต่ดูเหมือนว่าที่แดนสวรรค์แห่งนี้จะมีความลับอันยิ่งใหญ่ถูกซ่อนไว้ด้วย พวกโนบิตะจะสามารถแก้ปริศนาของแดนสวรรค์แห่งนี้ได้หรือไม่

ผ่านไป 14 ปี ชินจิตื่นขึ้นมาบนเรือรบเอเอเอ วุนเดอร์ขององค์กรต่อต้านเนิร์ฟที่ก่อตั้งโดยอดีตสมาชิกของเนิร์ฟ ชินจิได้ยินเสียงของเรย์ดังมาจากอีวามาร์ค 09 ที่ถูกส่งมาช่วยเขา เขาจึงหนีออกจากวุนเดอร์และมุ่งหน้าไปยังเนิร์ฟ คาโวรุ นางิสะพาชินจิไปดูดินแดนที่กลายสภาพ เขาจึงได้รู้ว่าการช่วยชีวิตเรย์ส่งผลให้เกิดเนียร์เธิร์ดอิมแพกต์ที่ทำลายล้างโลกอย่างราบคาบ

มาริ อิลลัสเทรียส-มากินามินำหุ่นรบเฉพาะกาลหมายเลข 05 ออกต่อสู้พิชิตเทวทูตตนที่สาม อาสุกะ แลงลีย์-ชิกินามิและอีวา-02 เอาชนะเทวทูตตนที่เจ็ดได้สำเร็จ เทวทูตตนที่แปดปรากฏตัวและถล่มสำนักงานใหญ่เนิร์ฟ อีวา-03 ถูกเทวทูตตนที่เก้ายึดไปขณะทำการทดสอบและชินจิก็เข้าหยุดยั้ง แต่ก็ได้รู้ว่าอาสุกะอยู่บนหุ่นรบตัวนั้น เก็นโดเปลี่ยนการควบคุมอีวา-01 เป็นระบบดัมมี่และเริ่มการต่อสู้กับอีวา-03